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植物逆境中心生物信息学平台开展RNA-seq分析培训

2020-05-19

        5月15日,上海植物逆境生物学研究中心生物信息学平台在科研中心组织、开展了2020年度首次RNA-seq分析培训,14个课题组的30余名师生参加了此次培训。培训课程本着让研究人员更深入地了解数据分析原理,更清晰地观察数据分析结果,甚至自己动手分析RNA-seq数据为宗旨而展开。
 
        培训设置两部分课程内容。首先由平台主管彭莉老师向大家介绍了RNA-seq的基本原理及分析流程。RNA-seq分析主要目的包括找到不同处理后的基因表达量,鉴定差异基因,以及进一步分析差异基因的功能。目前生物信息学平台的RNA-seq数据分析流程包括:首先对原始数据进行质量控制,查看数据情况;随后去除低质量数据,得到clean reads,并对得到的数据再次进行质量控制;然后使用比对软件将reads比对到参考基因组上,并统计各个基因的reads count;最后用R语言进行差异基因分析、GO/KEGG注释以及标准化表达量值RPKM/CPM计算。
 
        培训的第二部为上机操作,由郑奇婕老师带领大家实际运行RNA-seq流程。从指导大家如何登陆服务器,到使用平台高性能计算集群进行分析,并为大家分析各类运行过程中的报错原因,帮助解决报错问题,保证了所有参与此次培训的师生最终都成功利用测试数据掌握了RNA-seq数据分析方法。
 
        本次培训活动报名踊跃、反响热烈,体现了中心师生对生物信息数据分析的客观需求和学习热情。日后,生信平台还会面向一线科研人员的实际诉求,进一步开展更多方向、更多形式的生物信息学分析培训。