学术活动
蛋白质和代谢组学平台



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        植物蛋白质与代谢组学应用现代色谱-质谱分析仪器技术和多维组学研究方法,对植物细胞组织中的所有蛋白质组份(proteome)和有机代谢产物(metabolome)进行全面系统的定性和定量分析研究。通过蛋白质组成、动态变化和相互作用的组学研究,更加深入理解环境变化对植物生理状态的影响,从而阐释植物体内细胞信号传导的途径。在此基础上,进一步通过有机代谢产物和蛋白质活性位点翻译后修饰的结构研究,揭示植物在环境的适应和生长发育过程中的细胞内调节竞争机制,抗逆性能,以及其对蛋白酶生物合成及功能的影响。由于蛋白质表达和代谢产物通常具有高度动态性,同时植物特有的次生代谢产物种类繁多、结构迥异,因此蛋白质与代谢组学的共同研究提供了全面可靠的分析方法去研究植物在自然界的生存规律,特别是其体内细胞对环境因素响应的多通道分子协同运行机制。

    蛋白质与代谢组学平台着重于发展高分辨的色谱分离和高通量的质谱鉴定新技术以及稳定同位素标记的准确定量分析方法,并建立相关的科技信息资源为研究中心的植物交叉边缘学科研究提供强有力支持。实验室将系统地建立植物蛋白质表达差异分析组学、磷脂蛋白质组学、糖蛋白质组学、蛋白质降解组学、蛋白质复合物结构组学、蛋白质相互作用组学和有机代谢组学的方法研究,进一步创立和完善植物蛋白质序列、修饰、天然有机物和代谢产物的质谱检索数据库和生物信息学辅助数据分析系统。全面地发现和验证新的植物代谢相互作用网络和分子间信号传导途径、蛋白质靶向物及生物标志物在细胞体内的结构和功能关系。
仪器介绍及原理 Top
Agilent 7000C四极杆气质联用仪
 
AB Sciex TripleTOF 5600 Plus 四极杆飞行时间串联质谱仪
 
ThermoOrbitrap Fusion三合一质谱仪
 
Thermo Q Exactive质谱仪
 
基质辅助激光解吸电离飞行时间串联质谱仪
 
PerkinElmer NexION 300D ICP-MS电感耦合等离子体质谱仪
 
NanoAcquity UPLC – 纳升级超高效液相色谱
 
Acquity UPLC H-class Bio系统
技术提供 Top

植物蛋白质与代谢组学平台提供以下分析技术支持:

  1. 痕量及超痕量多元素的定性和定量分析

  2. 天然有机物和代谢产物的结构鉴定和定量分析

  3. 高通量蛋白质的鉴定和未知蛋白中多肽序列的从头定序测定

  4. 蛋白质组的稳定同位素标记和准确定量分析

  5. 蛋白质翻译后修饰(磷基化、乙酰化、糖基化和泛素化等)的定位和结构分析

  6. 蛋白质相互作用及蛋白质的表面结构拓扑学分析

质谱服务费

送样表格及须知:
蛋白组学样品送样单 [Form A Proteomics Sample Submission Form.xlsx
]

代谢组学送样单  [Form B Metabolomic sample Submission Form.xlsx]

小分子代谢物送样须知 [Guidelines for Analyzing Small Molecules.docx]

寄送地址:中国科学院上海植物逆境生物学研究中心蛋白质和代谢组学实验室
                    上海市松江区辰花路3888号辰山植物园科研中心319房间
邮编:201602
联系电话:(021) 5707 8238; (021) 5707 8239
电子信箱:proteomics@psc.ac.cn

样品分析收费标准

­­­­­­­­­­­­­­­­服务项目

服务内容

RMB /样品

一、 蛋白质(修饰位点)鉴定

蛋白质/多肽的准确分子量测定

 MALDI-TOF

300

多肽全序列分析(单一肽段、已知序列)

MALDI-TOF-TOF

Mascot修饰查库

4000

IP复合物鉴定及纯化后蛋白鉴定(包括磷酸化、乙酰化和泛素化等位点修饰鉴定)

溶液内酶解(*-脱盐-LC MS/MS-数据库搜索结果

1800

胶点及胶条蛋白的鉴定(包括磷酸化、乙酰化和泛素化等位点修饰鉴定)

胶内酶解(*-脱盐-LC MS/MS-数据库搜索结果

2000

酶切后肽段的混合物鉴定(包括磷基化、乙酰化、糖基化和泛素化等修饰鉴定)

脱盐-LC MS/MS-数据库搜索结果

1500

IP复合物的磷酸化肽段富集及位点鉴定

溶液内酶解(*-磷酸化肽段富集-脱盐-LC MS/MS-数据库搜索结果

2500

*备注:双酶切需要另行收费

二、 高通量蛋白组学分析

Label Free非标记定量蛋白组学分析

全蛋白提取-脱盐-定量-溶液内蛋白酶解(双酶切)-脱盐-肽段分级-肽段脱盐)-定量- LC MS/MS-数据库搜索-数据分析

4000/通道

肽段分级质谱测试收费按照机时累加)

 

蛋白质组表达谱精确定量分析(TMT标记)

全蛋白提取-脱盐-定量-溶液内蛋白酶解(双酶切)-脱盐-定量-肽段标记-脱盐-肽段分级-肽段脱盐)-LC MS/MS-数据库搜索-数据分析

5000/通道

肽段分级质谱测试收费按照机时累加)

 

 

磷酸化蛋白质组学分析

全蛋白提取-脱盐-定量-溶液内蛋白酶解(双酶切)-脱盐-定量-磷酸化肽段富 集-脱盐-(肽段分级-肽段脱盐)-定量-LC MS/MS-蛋白质定量结果-数据分析

6000/通道

肽段分级质谱测试收费按照机时累加)

 

磷酸化蛋白质组学精确定量分析(TMT标记)

全蛋白提取-脱盐-定量-溶液内蛋白酶解(双酶切)-脱盐-定量-肽段标记-脱盐-

磷酸化肽段富集-脱盐-定量-肽段分级-肽段脱盐)-LC MS/MS-数据库搜索-数据分析

7000/通道

肽段分级质谱测试收费按照机时累加)

 

泛素化蛋白质组学精确定量分析(TMT标记)

全蛋白提取-脱盐-定量-溶液内蛋白酶解(双酶切)-脱盐-定量-肽段标记-脱盐-

泛素化肽段富集-脱盐-肽段标记-脱盐-肽段分级-肽段脱盐)-<, /SPAN>LC MS/MS-数据库搜索-数据分析

10000/通道

肽段分级质谱测试收费按照机时累加)

 

PRM

肽段先做DDA,确定想要检测的肽段-skyline选择目标肽段,生成需检测二级离子信息-质谱检测实际样本中的目标肽段-skyline数据分析定量

2500/蛋白

(相对定量的价格)

MRM

肽段先做DDA,确定想要检测的肽段-合成重标同位素肽段-质谱分析,优化二级离子,软件选择二级离子-样本掺入同位素肽段,进行靶向分析

2500/蛋白

 

OrbitrapFusion, Q Exactive HF-X 

 

机时(不超过2h

800/样品

Q Exactive, Q Exactive plus, QTRAP 6500

机时(不超过2h

600/样品

*备注:其他组学价格面议

 

数据库二次搜索

MascotPDMaxquant

100

三、 代谢组学

3.1 GC-MS 分析(A)

GC-MS

 

无需复杂处理的分析 (A1)

GC-MS-数据库搜索-代谢物鉴定

500 RMB

复杂样品分析(A2)

样品富集纯化衍生化- GC-MS-数据库搜索代谢物鉴定

800 RMB

复杂样品分析  (A3)

样品富集纯化衍生化- GC-MS-数据库搜索代谢物鉴定

1000 RMB

绝对定量 (A4)

GC-MS-分析数据

600 RMB

3.2 LC-UV 分析(B)

 

 

无需复杂处理的分析 (B1)

UPLC-UV

300 RMB

复杂样品分析(B2)

样品富集纯化衍生化-UV检测

500 RMB

复杂样品分析(B3)

样品富集纯化衍生化-UV检测

700 RMB

绝对定量 (B4)

UV检测-分析数据

500 RMB

3.3植物激素(ABA/JA/SA/IAA/GA/SLs等)定量分析(C)

UPLC-MS

 

1种植物激素

样品激素提取,LC-MS定量检测及数据分析

600 RMB

(若同时测定多种激素,每增加测试一种激素,费用相应增加200/

3.4代谢物(L-Glu/GABA/ O-Acetyl-Serine等)定量分析(D)

UPLC-MS

 

1种代谢物

样品代谢物提取,LC-MS定量检测及数据分析

600 RMB

(若同时测定多种代谢物,每增加测试一种代谢物,费用相应增加200/

四,平台其他设备

高速离心机

 

20/小时

超高速离心机

 

50/小时

冷冻干燥机

 

20/小时

AKTA蛋白纯化系统

 

300/样品

管理人员及联系方式 Top

负责人:王鹏程

联系人:陈小梅

邮箱:proteomics@psc.ac.cn

电话:(86) 21- 57078238