一、组织上海数字植物志的编研。在详细野外调查的基础上，结合各类植物的生态、社会、历史等因素与地理信息，利用计算机网络与GIS技术，以图像、数据、时空等动态模式呈现传统植物志的描述、检索、分类、鉴定及其使用功能，提供全方位的交流互动式植物志；包括建立上海植物的数据库，全面收集整理上海植物的历史文献、资料与标本、物种的生物学与生态学特性、目前所得分布范围，以及未来可能的地理分布范围，为上海是进一步发展提供基本背景资料，包括网络版和印刷版；并通过研究形成一个具有竞争力的植物研究团队。

二、主持中国外来入侵植物志的编写。外来入侵植物对于中国的经济、生态、生物多样性以及社会环境和人类生活安全等已经造成非常严重的威胁与挑战，特别是改革开放以来，随着贸易与交流的增加外来入侵植物的危害在急剧地增加。诸如南方的水葫芦、东部沿海的大米草、华南最近出现的薇甘菊、西南部的紫茎泽兰以及华东的加拿大一枝黄花等，给国家的经济造成极其严重而无法弥补的损失。欧美等发达国家在历史上也是如此，不重视外来入侵植物的研究，也没有严格的预测与监控系统，造成经济上无法弥补的损失。中国有多少种外来入侵植物与潜在的外来入侵植物、它们的生物学特性与生态学特性、原产地自然地理因素、入侵历史与范围及危害与可能的危害程度、入侵的性质与未来的入侵趋势等多方面的资料，我们至今没有详细了解并掌握。马金双自2001年在纽约大都市植物志工作，主要从事北美外来入侵植物的研究，不但掌握了外来入侵植物研究方法与内容，并且对目前世界范围的研究趋势有了全面的了解与掌握，包括通过研究外来入侵植物的生物学与生态学特性、入侵历史与过程，预测与分析未来外来入侵植物的可能侵入范围以及预防的手段与方法。这些都是我们从事中国外来入侵植物中非常重要的宝贵资源。在此基础上，争取早日完成第一部《中国外来入侵植物志》，为国家的持续发展和繁荣作出重要贡献。经过两年多的努力，该工作目前已经完成综述(2012年发表)并完成分类学修订部分（2011和2012年发表）。

三、主持两项国家自然科学基金面上基金（卫矛属，2012-2015；马兜铃属，2014-2017）和一项科技部基础专项（中国外来入侵植物志，2014-2018）。

四、在辰山近五年先后发表文章近40篇（其中英文10余篇），专著《东亚高等植物分类学文献概览》（2011）一本，主编《上海维管植物名录》（2013）、《中国入侵植物名录》（2013）、《上海维管植物检索表》（2014）和《中国外来入侵植物调研报告》（2014）。

Ma, J. S. 2014, The Survey Report on Chinese Alien Invasive Plants, Part I & II, 949 pages; Beijing, High Education Press (in Chinese).

Ma, J. S. 2014, The Keys of Shanghai Vascular Plants, 410 pages; Beijing, High Education Press (in Chinese).

Yan X.L. H.Y.Shou & J. S. Ma, 2014, The Alien Invasive Plants in Zhejiang Province, Plant Diversity and Resources, 36(1): 77-88 (in Chinese).

Yan X.L. Q.R.Liu, H.Y.Shou, S.F.Zeng, Y.Zhang, L.Chen, Y.Liu, H.Y.Ma, S.Y.Qi & J. S. Ma, 2014, The categorization and analysis on the geographic distribution patterns of Chinese alien invasive plants, Biodiversity Science 22(5):667-676 (in Chinese).

H.Y.Shou, Yan X.L. & J. S. Ma, 2014, The Alien Invasive Plants in Jiangsu Province, Plant Diversity and Resources, 36(6): in press (in Chinese).

Du, C. &. J. S. Ma, 2014, Introduction to Asian Floras, .Protection and Research Development of Chinese Biodiversity, 10: 67-80 (in Chinese).

Shou, H.Y., X.L. Yan & J. S. Ma, 2014, Nomenclatural Notes on Alien Invasive Vascular Plants in China (III), Plant Diversity and Resources 34(6): (in press)

LIU Q.R., C. DU, Y.J. Zuo & J. S. MA, New Records of Aristolochia (Aristolochiaceae) and Euonymus (Celastraceae) from Vietnam, Journal of Fairy Lake Botanical Garden (in press)

HUONG, N. T. T., D. V. HAI1, B. H. QUANG1, N. T. CUONG1, N. S. KHANG1, D. Q. VU, & J. S. MA, Aristolochia xuanlienensis, a new species of Aristolochiaceae from Vietnam, Phytotaxa (in press)

ZUO Y.J., J. WEN J, J.S. MA & S.L. ZHOU, 2014, Evolutionary radiation of the Panax bipinnatifidus species complex (Araliaceae) in the Sino-Himalayan region of eastern Asia as inferred from AFLP analysis, Journal Systematics and Evolution, DOI: 10.1111/jse.12119.

Ma, J. S. 2014, Current status and challenges of Chinese plant taxonomy, Chinese Science Bulletin 59(6): 510-521 (Chinese with English abstract)

Ma, J. S. 2013, The Checklist of Chinese Invasive Plants, 324 pages; Beijing: High Education Press (Chinese)

Ma, J. S. 2013, The Checklist of Shanghai Vascular Plants, 442 pages; Beijing: High Education Press (Chinese)

Ma, J.S., Y. Liu, F.N. Wei, 2013, A new species of Euphorbia (Euphorbiaceae) from Guangxi, China, Phytotaxa, 87(3): 45–49.

Du, C., Y.J. Zuo, J.S. Ma, 2013, Revision of three species of Euonymus (Celastraceae) from China, Phytotaxa, 109(1): 45–53.

Ma, J. S. 2013, Historical Facts of Discovering Metasequoia, “Living Fossil”, Life World 9: 54-58 (Chinese).

Yan X. L. Shou H. Y. & J. S. Ma, 2012, The Problem and Status of the Alien Invasive Plants in China, Plant Diversity and Resources 34(3): 287-313 (Chinese with English abstract).

Wang Y., Li H. R., B. J. Ge & J. S. Ma, 2012, Review on Shanghai Vascular Plants, Guihaia 32(6): 854-859 (Chinese with English abstract).

Shou, H. Y., Yan X. L. & J. S. Ma, 2012, Nomenclatural Notes on Alien Invasive Vascular Plants in China (II), Plant Diversity and Resources 34(4): 347-353.

Ma, J. S., 2012, The endemic conifers of Asia: Comparison and analysis, Japanese Journal of Palynology 58 (Special Issue): 303, the Abstracts of IPC / IOPC 2012.

Ma, J.S. & H. B. Chen 2012, Prof. Joyce Ching-Yung Cheng (1913-2012, with publication list), Plant Diversity and Resources 34(6): 633-634 (Chinese).

Yan X. L. & Ma, J.S. 2011, Nomenclatural Notes on Alien Invasive Vascular Plants in China, Plant Diversity and Resources 33(1): 132-144.

Ma, J.S. 2011, The Outline of Taxonomic Literature of Eastern Asian Higher Plants, 504 pages, Beijing: High Education Press (Chinese).

Ma, J.S. 2010, Nomenclatural Notes on Alien Vascular Plants in North America Originated from East Asia, Acta Botanical Yunnanica 32(1): 14-24.

Ma, J.S. 2010, The Invasive Plants of North America – A Primary Analysis, Acta Botanical Yunnanica Suppl. XVII: 1-18.

Ma, J.S. 2010, A Review of Leafy Spurge, Euphorbia esula (Euphorbiaceae), the Most Aggressive Invasive Alien in North America, Acta Botanical Yunnanica Suppl. XVII: 19-45.